A l'entrée des forces serbes dans la ville, Vukovar est totalement détruite. Les écoles, hôpitaux ainsi que les monuments historiques n'ont pas été épargnés. Les forces serbes se rendent dès lors coupables de crimes atroces, torturant et massacrants sans distinctions défenseurs et habitants de la ville. La preuve que la barbarie serbe lors du siège du Vukovar n'a épargné personne est rapportée par l'âge de la plus jeune victime : Ivan Kljajic âgé de seulement six mois. Les personnes, ayant trouvé refuge dans l'hôpital de la ville, pour la plupart des civils mais également des combattants croates, connaissent un sort tout aussi tragique. Bien que l'évacuation pacifique de l'hôpital ait été négociée à Zagreb entre le gouvernement croate et les représentants de l'armée yougoslave, une partie des personnes y ayant trouvé refuge est déportée dans des camps en Serbie.
Dans la nuit du 19 au 20 novembre, 261 patients de l'hôpital sont emmenés à 4 kilomètres de Vukovar et liquidés à Ovcara. Deux colonnes quittent alors Vukovar : l'une composée de réfugiés se dirigent vers les lignes croates. L'autre, composée de prisonniers part en direction de la prison de Sremska Mitrovica ou de camps en Serbie.
Au total, 1700 personnes ont trouvé la mort à l'occasion de la défense de Vukovar (dont 1100 civils) auxquels s'ajoutent plus 4000 blessés, et plusieurs milliers de personnes disparus. Plus de 5000 personnes ont été emmené dans des camps en Serbie où elles ont été victimes de traitement atroces.
